Все эти множественные софтины которые автоматически генерят из журнала PDF для публикации — профанация чистой воды. На самом деле нужен простой скрипт который получит из него TeX, годный для последующего редактирования. Потому что действительно красивую книжку никакой автомат получить не сможет, а вот тех можно допинать до таковой довольно быстро. Надо будет написать как-нибудь…